研究所围绕水产遗传育种、水产病害防治、智慧设施渔业、资源与环境、水产品质量安全与加工、渔业经济与信息研究等重点学科，开展渔业基础应用研究、科技创新、公共服务、成果转化等工作；是浙江省渔业科技创新服务平台牵头单位，建有农业部淡水渔业健康养殖重点实验室、浙江省鱼类健康与营养重点实验室、浙江省淡水水产遗传育种重点实验室、农业部新鱼药临床试验基地、国家罗氏沼虾遗传育种中心、国家级罗氏沼虾良种场、省级国外智力引进示范基地等多个国家部委、省级支撑与服务平台。