一种甲壳素纳米晶复合胶原蛋白自组装的方法，其特征在于包括有以下步骤：(1)配置1～100μg/mL的甲壳素纳米晶水溶液；(2)将胶原蛋白溶于水或冰醋酸后，用缓冲溶液配置成浓度为50～1500μg/mL的胶原蛋白溶液；(3)将甲壳素纳米晶溶液与胶原蛋白溶液混合，超声搅拌后在25～50℃恒温条件下，自组装2～24h，得到甲壳素纳米晶复合胶原蛋白自组装溶液；(4)透析；(5)离心后取出下层沉淀，加入交联剂固定20～240min后冷冻干燥，得到所需的甲壳素纳米晶复合胶原蛋白自组装产物。与现有技术相比，本发明的方法可改进胶原蛋白自组装进程并提高胶原蛋白自组装产物的性能。