中国科学院城市环境研究所成立于2006年7月4日，是中国科学院下属的事业法人单位，是目前国际唯一的专门从事城市环境综合研究的国立研究机构，位于美丽的南方海滨城市—厦门市。 研究所目前拥有“环境科学与工程”、“生态学”专业一级学科博士、硕士学位授予点以及“环境科学与工程”博士后科研流动站。

  科技部国际科技合作基地、国家级对台科技合作与交流基地、福建省国际科技合作基地和国际科联“城市健康计划国际项目办公室”；中国科学院城市环境与健康重点实验室、中国科学院城市污染物转化重点实验室、中科院城市固体废弃物资源化技术工程实验室、中国科学院区域大气环境研究卓越创新中心；福建省城市固体废弃物资源化工程研究中心、福建省流域生态重点实验室、厦门大气环境福建省野外科学观测研究站、浙江省城市环境过程与污染控制重点实验室；厦门市城市代谢重点实验室、厦门市水环境安全与水质保障工程技术研究中心、厦门市危险废物鉴别和处置技术研发公共服务平台、厦门市物理环境重点实验室、厦门市室内空气与健康重点实验室、宁波市城市环境过程与污染控制重点实验室。

  研究所首个研究站——中国科学院城市环境研究所宁波观测研究站在宁波市北仑区建立并投入使用。宁波站依托所本所，立足宁波市，辐射长三角，面向国家城市化发展过程中的生态环境保护等重大战略需求，面向国际城市生态科学和环境科学与技术的发展前沿，服务于区域经济和社会可持续发展，开展城市环境长期观测研究、城市生态环境与健康、城市环境治理与修复技术、环境治理工程与循环经济、城市规划与环境政策研究与开发以及技术转移、转化和规模产业化。