本发明涉及一种像素级分立集成快照式多光谱成像消串扰方法及系统，采用同一光轴设置的一次成像镜组、滤波芯片、二次成像镜组和成像芯片技术，通过一次成像镜组和二次成像镜组进行光路矫正的方式引导光线分别成像在滤波芯片、成像芯片上，解决了滤波芯片与成像芯片因存在间隙而带来的相邻光谱通道间的串扰问题；采用m×m个滤波通道与成像芯片的像素级匹配实现了像素级光谱成像；然后通过归一化、有效像素位置矩阵筛选去除无效像素，然后通过相应工作波段的有效像素位置矩阵与原始光谱图像作Hadamard积，彻底解决因间隙和对准误差导致的光学串扰问题，降低基于像素级分立集成快照式多光谱成像消串扰系统中滤波芯片与成像芯片的对准要求。